A 48 ans, il sera ordonné évêque par le cardinal Philippe Barbarin le dimanche 11 septembre à 15 h 30 à la Primatiale Saint-Jean-Baptiste de Lyon. Et il restera jusqu'au 15 août au Puy de façon à vivre la célébration du Jubilé.
"C’est une surprise. Il y a seulement dix jours que j'ai été convoqué à Paris à la Nonciature apostolique. Là, on m'a annoncé que j'étais appelé, par le saint Père, au service du diocèse de Lyon comme évêque auxiliaire. C'est une grande marque de confiance. C'est un grand bouleversement aussi. On change de lieu, de fonction, de mission, on change de vie. Je suis confiant. J'ai toujours été heureux dans toutes les étapes de mon existence de prêtre."
Pour l'anecdote, on retiendra que l'évêché (fictif) associé à Emmanuel Gobilliard est celui de Carpentras où l'homme d'Eglise a des racines familiales. En effet, l'usage implique que l'on affecte un évêché tombé en désuétude à un évêque auxiliaire.